Les nombreuses recherches menées depuis quelques années sur les bactéries présentent dans le microbiote intestinal ont modifié le regard des scientifiques sur ces éléments du système digestif. Elles sont devenues des acteurs majeurs dans la compréhension de certaines maladies (obésité, diabète de type 2, maladie de Crohn…) De plus, leur étude a permis d’établir qu’il existait des liens directs de leur action sur le système immunitaire et sur le cerveau.

Et ce n’est qu’une infime partie de ce qu’il reste à découvrir dans ce domaine car l’intestin d’un individu abrite 100 000 milliards de bactéries et on dénombre environ un millier d’espèces bactériennes différentes… Or, pour l’instant seulement 15 % de ces bactéries ont été identifiées !

Face à cette tâche immense, des chercheurs de l’INRA en collaboration avec des équipes du CEA (Genoscope), du CNRS, de l’Université d’Evry et des scientifiques étrangers ont mis au point une nouvelle méthode pour l’analyse du génome global, ou métagénome du microbiote intestinal. Ainsi les chercheurs ont comparé l’abondance relative des différentes espèces bactériennes et donc l’abondance de gènes bactériens entre différents individus.

Selon l’hypothèse des chercheurs, il est possible d’affirmer que les gènes dont l’abondance varie similairement d’un individu à l’autre appartiennent à une même espèce bactérienne.

Ainsi, l’analyse de 396 échantillons de selles d’individus danois et espagnols a permis de répartir les 3,9 millions de gènes du catalogue dans 7 381 groupes de co-abondance de gènes.

Cette nouvelle approche permet de réduire considérablement la quantité d’éléments à analyser tout en délivrant des données de haute qualité, avec des résultats encore plus précis et plus rapides à obtenir car sans culture préalable.

Les chercheurs ont donc, grâce à cette nouvelle, méthode réussi à reconstituer le génome complet de 238 espèces bactériennes métagénomiques (MGS) dont 75 % étaient jusqu’alors inconnues ! Un premier pas prometteur…

 

Pour en savoir plus : www.inra.fr